J-FUNの活動は、大別して3つにわかれています。各ワーキンググループにわかれ、J-FUNの「顔（Face, Visibility)」、「声（Voice, Advocacy）」、「手足（Operation, Research)」の実現のために事業を行っています。
アドボカシーワーキンググループ
難民の生活向上に対する貢献を目的に、J-FUNの枠組みにおいて、政策提言を行います。
また、政策提言を行うことにより、J-FUN参加NGOのキャパシティビルディングを図ります。
広報ワーキンググループ
個々のNGOの広報活動を集約して、難民問題に対する市民社会・メディアの理解･支援を高めていくことを目的としています。2007年「世界難民の日」には、国連大学の中庭において「バルーンプロジェクト/模擬キャンプ」を行い、実際の難民キャンプを体感できる場を設け、難民が作ったハンドクラフト物品を販売しました。
また、東京ヴェルディ1969のご協力によるチャリティーサッカーの開催等、難民問題への認知度を高めるためのイベントを中心に活動しています。
